根据第九届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔１９９８〕５号），设置卫生部。卫生部是主管卫生工作的国务院组成部门。 根据以农村为重点、预防为主、中西医并重、依靠科技与教育、动员全社会参与、为人民健康服务、为社会主义现代化建设服务的新时期卫生工作方针，卫生部的主要职责是：

　　（一）研究拟定卫生工作的法律、法规和方针政策，研究提出卫生事业发展规划和战略目标，制订技术规范和卫生标准并监督实施。

　　（二）研究提出区域卫生规划，统筹规划与协调全国卫生资源配置，制订社区卫生服务发展规划和服务标准，指导卫生规划的实施。

　　（三）研究制订农村卫生、妇幼卫生工作规划和政策措施，指导初级卫生保健规划和母婴保健专项技术的实施。

　　（四）贯彻预防为主方针，开展全民健康教育。制订对人群健康危害严重疾病的防治规划；组织对重大疾病的综合防治；发布检疫传染病和监测传染病名录。

　　（五）研究指导医疗机构改革，制订医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范性并监督实施。 （六）依法监督管理血站、单采血浆站的采供血及临床用血质量。

　　（七）研究拟定国家重点医学科技、教育发展规划，组织国家重点医药卫生科研攻关，指导医学科技成果的普及应用工作；管理直属单位。

　　（八）监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校工作，组织制订食品、化妆品质量管理规范并负责认证工作。

　　（九）制订国家卫生人才发展规划和卫生人员职业道德规范，拟定卫生机构编制标准、卫生技术人员资格认定标准并组织实施。

　　（十）组织指导医学卫生方面的政府与民间的多边、双边合作交流的卫生援外工作，组织参与国际组织倡导的重大卫生活动。组织协调我国与世界卫生组织及其他国际组织在医学卫生领域的交流与合作。

　　（十一）贯彻中西医并重的方针，推进中医药的继承与创新，实现中医药现代化。

　　（十二）承担全国爱国卫生运动委员会的日常工作。

　　（十三）负责中央保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，按照规定管理中央各部门有关干部的医疗工作。

　　（十四）组织调度全国的卫生技术力量，协助地方人民政府和有关部门，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疫病的发生、蔓延。

　　（十五）承办国务院交办的其他事项。 根据国务院规定，管理国家中医药管理局。 1998年，卫生部设１０个职能司（局、厅）：办公厅、人事司、规划财务司、卫生法制与监督司、基层卫生与妇幼保健司、医政司、疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）、科技教育司、国际合作司、保健局，设机关党委，负责部机关及在京直属单位的党群工作。 2003年，经中央机构编制委员会办公室批准，卫生部内设司局进行调整，设办公厅、人事司、规划财务司、卫生政策法规司、卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）、农村卫生管理司、卫生执法监督司、基层卫生与妇幼保健司、医政司、疾病控制司(全国爱国卫生运动委员会办公室)、科技教育司、国际合作司、保健局等13个职能司（局、厅、办）和机关党委。 2006年，经中央机构编制委员会办公室、人事部批准，卫生部有关内设机构进行了调整，疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）更名为疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室），卫生执法监督司更名为卫生监督局，基层卫生与妇幼保健司更名为妇幼保健与社区卫生司。

 

　　卫生部与食物安全相关的部门与职能：

　　卫生部是负责国内市场食品卫生政策和食品卫生管理的国务院组成部门。涉及食物安全的主要职责是监督管理食品卫生，组织制定食品质量管理规范。监管由致病微生物对食物造成的污染而引起的消费者食源性疾病，包括食物中毒在内的食物安全问题。涉及食物安全管理的主要有卫生法制与监督司、卫生政策法规司。此外，卫生部还设有突发公共卫生事件应急指挥中心，以组织协调有关突发公共卫生事件的应急处理工作。

　　卫生法制与监督司的主要职责：
　　 综合管理卫生监督执法工作，并依法组织实施；负责拟订卫生执法监督工作规范、程序和有关规章制度；依法开展对食品卫生和职业卫生的监督管理；对《食品卫生法》等卫生法律法规执行情况组织开展监督检查；组织协调和督办违反卫生法律法规的大案、要案的查处工作，组织开展卫生执法稽查；加强卫生执法体系和队伍建设，组织指导卫生执法队伍培训和管理。

　　卫生政策法规司的主要职责：
　　 组织卫生标准的制定及管理工作；制订全国性卫生法制建设规划；协调、组织卫生法律法规的起草、报批工作，指导地方卫生法制建设等。

　　卫生部卫生监督中心的主要职责：
　　具体职责为：对地方卫生监督工作进行业务指导；协助卫生部组织实施全国性卫生监督抽查工作；协助卫生部承担全国卫生监督队伍的业务培训与管理；承办卫生行政许可工作的具体事项；承担卫生标准的具体管理工作；承担规范卫生监督检验的事务性工作；承办卫生监督的咨询、投诉受理和执法稽查；负责卫生监督信息的收集、整理和分析工作；协助卫生部查处大案要案。

　　中国疾病预防控制中心的主要职责：
　　 1、参与卫生行政部门政策咨询。
　　 2、拟订并实施全国重大疾病预防控制和重点公共卫生服务工作计划和实施方案，并对全国实施情况进行质量检查和效果评价。
　　 3、指导建立国家公共卫生监测系统。
　　 4、参与和指导地方处理重大疫情、突发公共卫生事件，建立国家重大疾病、中毒、卫生污染、救灾防病等重大公共卫生问题的应急反应系统。配合并参与国际组织对重大国际突发公共卫生事件的调查处理。
　　 5、研究开发并推广先进的检测、检验方法，建立质量控制体系。
　　 6、建立和完善国家级疾病预防控制和公共卫生信息网络。
　　 7、组织和承担与疾病预防控制和公共卫生工作相关科学研究。

　　卫生部卫生监督中心和中国疾病预防控制中心是卫生部具体实施食品安全相关管理的重要机构。在食品卫生监督抽查、卫生标准管理、卫生检验技术规范、稽查、卫生许可受理与评审、食品卫生监督、重大公共卫生调查处理、政策咨询决策等方面发挥着重要的作用。

　　近年来，卫生部负责食品安全监管工作和措施主要体现在以下几方面：一是制定《食品卫生法》等食品卫生法规和标准；二是开展食品卫生监督，县级以上卫生部门食品卫生监督队伍人员多达4万余人；三是推行食品卫生监督量化分级管理制；四是与国家之间总局合作推广食品企业和餐饮业HACCP体系管理；五是建立食源性疾病监测、食物中毒报告体系。相对于其他部门，全国县级以上卫生部门食品卫生污染物的监测系统较为健全。

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